Ученый совет академии – выборный представительный орган создан под председательством начальника академии для рассмотрения основных вопросов деятельности академии. Он работает на основании приказа начальника академии. Этим же приказом утверждено «Положение об Ученом совете», «Нормы представительства от подразделений в составе Ученого совета», «Положение о выборах Ученого совета» и «Списочный состав Ученого совета ВАМТО». Протоколом заседания ученого совета академии утвержден текст «Кодекса чести личного состава Военной академии материально-технического обеспечения имени генерала армии А. В. Хрулёва (хрулёвец)».

По решению ученого совета академии: включаются и обсуждаются компоненты образовательной деятельности в основных профессиональных образовательных программах; рассматривают индивидуальные учебные планы; обсуждается программа государственной итоговой аттестации; вводятся виды учебных занятий; ежегодно рассматривается тематика выпускных квалификационных работ; обсуждаются дополнительные профессиональные программы; рассматриваются методики обучения с целью повышения педагогического мастерства руководящего и научно-педагогического состава; не реже одного раза в год рассматриваются вопросы методической деятельности; результаты контроля учебных занятий рассматриваются не реже одного раза в семестр; организуются педагогические (методические) эксперименты и рассматриваются их результаты; вырабатываются предложения начальнику академии, начальникам кафедр, отделов, и служб по совершенствованию и координации образовательной и методической деятельности; рассматривают материалы на представляемых к отчислению обучающихся; рассматриваются ходатайства о восстановлении для продолжения обучения и ряд других вопросов.

Ученый совет осуществляет свои функции в тесном взаимодействии со структурными подразделениями академии, учеными советами военных институтов, учебно-методическими комиссиями по специальностям и Штабом материально-технического обеспечения ВС РФ.